Den Selvejende Institution Margrethegården ledes af en bestyrelse på 7 medlemmer.
Heraf udpeges 2 medlemmer af Foreningen til Fremskaffelse af Boliger for Ældre og Enlige, 2 medlemmer vælges af og blandt beboerne i ejendommen på Dr. Sofies Vej, 1 medlem udpeges af Roskilde Kommune, 1 medlem vælges af den til enhver tid værende lejer i Borchsgade 1 og 1 medlem vælges af og blandt beboerne i ejendommen Bredgade.
Alle bestyrelsens medlemmer vælges eller udpeges for 4 år ad gangen svarende til byrådets almindelige valgperiode. Genvalg kan finde sted.